Brennan (Emily Deschanel) und den „Blinzlern“ vom Jeffersonian-Institut! Nachdem Bones den Mordverdacht gegen sie ausräumen konnte, kehrt sie endlich zu ihrem Team und FBISpezialagent Seeley Booth (David Boreanaz) zurück. Auf die Experten warten hoch komplizierte Fälle – vom Rätsel um eine Frau, die an Roller Derbys teilnahm, über die Entdeckung eines bislang unbeknnten 9/11-Helden bis hin zu einer drohenden Seuche. Außerdem ist der verrückte Serienmörder Christopher Pelant wieder da und rückt Bones und Booth immer näher! Schließlich wird es auch für Booth persönlich komplizierter denn je – nicht nur, weil nach 24 Jahren plötzlich seine Mutter auftaucht…