Dans une optique d'évaluation de l'état phytosanitaire de la culture d'agrumes en Tunisie, un dépistage des viroïdes infectant cette espèce fruitière dans un parc à bois de la profession a été effectué. Des méthodes de diagnostic, essentiellement moléculaires ont été utilisées et développées pour la détection de certains viroïdes infectant les agrumes. Sur le plan fondamental et pour caractériser les isolats Tunisiens de ces pathogènes nous avons opté pour l'analyse de leur génome. Pour cela, nous avons synthétisé de l'ADNc correspondant à plusieurs viroïdes infectant les agrumes et la vigne, par transcription réverse suivie par une amplification enzymatique (RT-PCR). L'ADNc obtenu a été cloné et séquencé. Les viroïdes des agrumes étudiés sont le CEVd, le HSVd et le CVd-III et pour la vigne les viroïdes étudiés sont l'AGVd et le GYSVd-1. Ces pathogènes ont été choisis pour l'intérêt agronomique et biologique qu'il présentent. Les viroïdes séquencés ont été également utilisés dans cette étude pour établir des relations taxonomiques avec les séquences de viroïdes décrits dans les banques de données, ce qui a permis leur classification.