Avanc¿os recentes nas tecnologias de sequenciamento de nova gerac¿a~o (NGS) reduziram o tempo necessa¿rio para a identificac¿a~o de mutac¿o~es em gene¿tica forward, uma das principais formas para caracterizac¿a~o da func¿a~o de genes em plantas. A metodologia utilizada para a identificac¿a~o de mutac¿o~es induzidas por agentes mutage^nicos fi¿sicos ou qui¿micos em uma populac¿a~o de mapeamento e¿ conhecida como mapping-by-sequencing. Dentre as va¿rias te¿cnicas que utilizam esta metodologia, Next-generation mapping (NGM) ganha destaque por necessitar de um nu¿mero pequeno de mutantes na populac¿a~o de mapeamento. Entretanto, nos trabalhos publicados, na~o fica claro o porque^ da utilizac¿a~o dos para^metros usados para formac¿a~o da populac¿a~o de mapeamento (nu¿mero de indivi¿duos, nu¿mero de mutantes, forma de cruzamento) e para o sequenciamento (plataforma utilizada, me¿todo de sequenciamento, cobertura) nos experimentos. Por isso, desenvolveu-se um pipeline de bioinforma¿tica que possibilita a simulac¿a~o de dados de experimentos que utilizam a te¿cnica de NGM com a planta modelo Arabidopsis thaliana, uma das plantas mais estudas e sequenciadas na literatura.