A reação em cadeia da polimerase (PCR) é uma técnica científica usada na biologia molecular para amplificar fragmentos de uma amostra de DNA ou RNA. Uma inovação na PCR denominada de PCR em tempo real (qPCR), trouxe mais rapidez e precisão nos diagnósticos clínicos e laboratoriais. A reação em cadeia da polimerase da transcrição reversa em tempo real (RTq-PCR) é outro procedimento semelhante a qPCR com a vantagem de ser realizada em apenas uma etapa. As pesquisas genéticas na cultura do café, têm tido grande expansão e, na maioria dos casos, as amostras são constituídas da coleta de folhas ou de frutos em diferentes plantas constituindo amostragem em mais de um estágio.