Um Ilajas verlorene Erinnerungen zurückzuholen, nimmt Merlin sie bei sich auf und beschließt, mit ihr ans Meer zu fahren. Doch die Reise gestaltet sich alles andere als einfach: Bald schon müssen Merlin und Ilaja feststellen, dass sie verfolgt werden. Währenddessen beginnt Ilaja, die zu Beginn der Reise ein dreizehnjähriges Mädchen ist, wie verrückt zu wachsen und wird nach und nach zur Frau. Im Gespräch mit Bäumen findet sie allmählich ihre Erinnerung wieder. Sie erfährt, dass Merlin einige Zeit für einen Geheimdienst gearbeitet hat, der die Anderwelt mit Waffen versorgte, und im Gegenzug alchemistisches Wissen erhielt. Zeit der Bäume erzählt von einer magischen Reise auf den Spuren druidischer Vergangenheit.